في الفترة من سبتمبر 2010 حتى مايو 2013، عمل أحمد كجوك مديراً لوحدة السياسات المالية الكلية بوزارة المالية، وقبل ذلك شغل منصب نائب لنائب رئيس اللجنة المالية والنقدية الدولية التابعة لصندوق النقد الدولي من أغسطس 2010 حتى فبراير 2011.

بين عامي 2004 و2008، شغل كجوك منصب المدير التنفيذي لوحدة السياسة المالية الكلية بوزارة المالية، وعمل مستشاراً اقتصادياً للوحدة من 2004 حتى 2007. كما عمل مساعد محاضر في الجامعة الأمريكية بالقاهرة من 2007 حتى 2008، واقتصادياً في وزارة الاقتصاد والتجارة من 2002 حتى 2004، وباحثاً اقتصادياً في وزارة الاقتصاد من 1999 حتى 2001.

في عام 2015، تم انتخاب كجوك ليشغل منصب رئيس إدارة الدعم الفني في مكتب البنك الدولي بالقاهرة، كما تولى منصب مدير مجموعة من الاقتصاديين والباحثين في وحدة السياسات المالية الكلية بوزارة المالية.

أجرى أحمد كجوك العديد من الدراسات في علم الاقتصاد الجزئي، بالإضافة إلى دراسات متخصصة في علم تشخيص النمو، الذي يركز على تحليل نقاط القوة والضعف في الإطار التحليلي الإبداعي لتحديد معوقات النمو الاقتصادي في الدول النامية. كما قام بدراسات في علم الاقتصاد الكلي، الذي يتناول القضايا الاقتصادية من منظور شامل، إلى جانب أبحاث في إدارة المالية العامة، والأمن الاجتماعي، وسياسات التنمية الاقتصادية في الشرق الأوسط.